梯度洗脱中所出现的故障与等度洗脱非常类似，主要包括以下方面：第一是与仪器故障实验技术、色谱柱故障等有关；第二是由于试验条件不当设置导致分离方面问题(分离度差、宽峰等)。下表汇总了梯度洗脱常见故障及解决方法。
| 现象 | 问题 | 解决办法 |
| 色谱图前面的峰挤成一团，且分离度较差 | 起始流动相太强 | 在开始的梯度中减少溶剂B的比例(%) |
| 色谱图中间峰分离度差 | 条件欠佳 | 增加k'、N和α，改变梯度时间、流速、柱长 |
| 色谱图前面的峰保留不重复 | 柱平衡差 | (1)增加两次梯度之间的再生时间 (2)—定的间隔进样 |
| 基线漂移 | 溶剂A和B有不同的紫外吸收值 | (1)加非保留的紫外吸收剂以抵消溶剂吸收的波动； (2)用不同波长检测； (3)用不同检测器 |
| 在空白的梯度中有伪峰 | 试剂或流动相不纯 | (1)用HPLC级试剂 (2)纯化流动相的组分 |
| 部分色谱峰分离度突然变差 | 溶剂分层 | 用键合相柱代替多孔硅胶柱 |
(1)基线漂移
如果B溶剂(甲醇)比A溶剂(水)吸收大，梯度洗脱时基线上升，在低紫外波长检测更加厉害。一个解决的办法是加有紫外吸收的组分到A或B溶剂中，以均衡两种溶剂的吸收。加紫外吸收剂的一个要求是在梯度洗脱条件下无保留。也可加氧化亚氮在A(水)中。在185nm〜200nm处检测常加低浓度的硝酸盐；在高检测波长加周期表中高族的盐(如溴酸盐、高碘酸盐)。
(2)伪峰
在流动相中存在有紫外吸收的杂质，用梯度洗脱能分离出来，即不进相关的样品也照常出峰。如用普通的蒸馏水或含有杂质的溶剂就会不断出峰或基线漂移，建议用HPLC级的水和溶剂。
(3)溶剂分层
在梯度洗脱中用硅胶柱最易出现这种现象。若B溶剂活性很强(如丙醇)，A溶剂极性很弱(如正己烷)。在梯度初始阶段B溶剂被柱所吸收，继续梯度B溶剂就打破平衡。可能在色谱图上某些点分离度明显降低，个别峰特别窄，而两侧峰又比较宽。在窄峰这一点上，正好B溶剂破坏了平衡，然后又分层。分析时要注意选用对B溶剂吸收低的柱，用键合相的柱很少发生这种现象。溶剂的互溶性，不相混溶的溶剂不能用作梯度洗脱的流动相，有些溶剂在一定比例内混溶，超出范围就不互溶，使用时更要引起注意。当有机溶剂和缓冲液混合时，还可能析出盐的晶体，尤其使用磷酸盐时需特别小心。
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