ThruPLEX-FD prep kit是一个突破性的建库方法，从DNA或是cDNA建库起始，简化了Illumina的建库流程。ThruPLEX采用了具有专利技术的颈环结构的Adaptors，并且使用了高保真聚合酶，使整个建库流程高效且用户友好。整个建库流程用时不到2小时，并且不需要纯化步骤，最关键的是单管操作，避免了污染，以及人为失误。不论是效率、敏感度还有成功率都得到了显著提高。不论是测序应用，如：DNA-seq，RNA-seq还是ChIP-seq，TruPLEX-FD试剂盒都可以给研究者提供一致可靠的结果。
不同的建库起始量依然可以得到均一的覆盖度
Chr1上的低分辨率的数据展现出以不同建库起始量，不同产物所达到的不同覆盖度。ThruPLEX试剂盒以0.2ng和20ng均表现出比较好的效果。这个计量标准可以定性的评估这小于300k的reads（数据来源于华盛顿大学和BROAD INSTITUTE）  
CpG岛区域同样表现出了均一的覆盖度
和Illumina PCR-free prep试剂盒相比较，ThruPLEX试剂盒在4 RASSF1 CpG岛区域有很棒的表现。TruSeq prep试剂盒在同样的区域表现出明显的系统性下降。注意不同的建库起始量，所有的数据都是在一个地覆盖度的情况下进行分析    
较低的PCR背景
200pgDNA样本，采用Covaris进行片段化，进行过量扩增，10 PCR cycles，这个循环数已经超过了建议的循环数。NTC（No Template Control）显示出的PCR背景比样本大于100X。    
低分辨率的覆盖度对于PCR的循环数不敏感
Covaris片段化的200pg的DNA样本过量扩增，在ThruPLEX protocol的第三步扩增10个循环（以最小的测序深度，超过15个循环数，对低分辨率的覆盖度没有影响）间接证明了这款试剂盒对于高GC的耐受性很好。    
文库的丰富度&没有mapping上的Reads对于PCR的循环数不敏感
200pgDNA样本，采用Covaris进行片段化，进行过量扩增，10 PCR cycles，这个循环数已经超过了建议的循环数。达到平台期。文库的丰富度和没有mapping上的reads和1cycles相比并没有显著的变化。    
高GC区域对于PCR的循环数不敏感
200pgDNA样本，采用Covaris进行片段化，进行过量扩增，10 PCR cycles，这个循环数已经超过了建议的循环数。高GC的区域并没有显著的改变。    
ChIP结果与TruSeq Standard prep显示出了较高的一致性
50-200pg的ChIP DNA 建库起始量和300,000细胞得到的10ngChIP DNA比较，同样的抗体，同样的采用Illumina ChIP-seq试剂盒，结果的一致性大于92%。    
建库流程的优点
ThruPLEX-FD试剂盒流程简单，避免转管，减少时间消耗。    
文库的丰富度和敏感度
Covaris片段换人的DNA建库并在一个大学的中心实验室测序，比较一下NEBNext和TruPLEX-FD的丰富度和敏感度。ThruPLEX-FD的复杂度，通过DNAnexus的数据分析，瓶颈分数或是多样新展现出ThruPLEX具有10X的高复杂度（10ng的建库起始量） 或者30X更高的敏感度（10ng的复杂度）。这些图标的数量均小于300k的reads。