蛋白质裂解液的选择，除了要根据其“产量”，还要看所选择的一抗是否能识别经变性的蛋白质样品。一般来说对于不能识别变性的蛋白质样品的一抗，其蛋白质裂解液都会是不含去污剂或含有较温和的非离子去污剂的(如：NP-40，Triton X-100)。
    蛋白质裂解液的配方有很多种，如何选择合适的蛋白质裂解液是做好免疫印迹的第一步。一些含有SDS(十二烷基硫酸钠)和强离子去污剂(如：脱氧胆酸钠)的蛋白质裂解液能从组织或细胞中提取出大量的蛋白质，然而它们却很容易会使蛋白质变性。这样，对于一些只能识别非变性的抗原表位的抗体来说，那些能使蛋白质变性的含SDS和强离子去污剂的蛋白质裂解液就不能被选择。   
    蛋白质的定位与蛋白质裂解液的选择：
    全细胞：NP-40或RIPA
    细胞质(可溶)：Tris-HCl
    细胞质(细胞骨架)：Tris-Triton
    细胞膜：NP-40或RIPA
    细胞核：RIPA
    线粒体：RIPA