HPLC优点：高压速度快分析精度高所需样本量少，主要用于分析纯化多肽类

缺点：柱子较贵有些需要用乙氰甲醇等有毒有害试剂不能或只能纯化很小量的蛋白

AKTA系统优点：中低压容易放大可大规模纯化蛋白类常规只用无机盐类试剂可配备各种介质纯化不同蛋白可自己灌胶费用较少

缺点：分析精度没有HPLC高

选用HPLC或AKTA的FPLC主要是依据你的用途而买，分析用HPLC，大规模纯化用FPLC

FPLC供小量(小于explorer)制备用，最大流速只有20ml/min。

HPLC基本是用做分析用，也可用做微量制备。

AKTA和HPLC市场定位是不一样的。从而在从硬件到软件的功能侧重点都各有所长。

样品制备和工艺研究：AKTA 100ml系列，常用于新药研发机构

兼顾制备和要求不高的分析：AKTA 10ml系列，常用于科研单位

要求较高的分析，可兼顾少量制备：HPLC系列，常用于分析测试及科研单位